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對于白暨豚的科學分類一直存在某些爭議，主要是在白暨豚屬于哪個科上意見不一致。例如《世界自然保護聯盟瀕危物種紅色名錄》將它歸為白暨豚科（Lipotidae），而ITIS則曾經將它歸為亞河豚科（Iniidae）。 

1918年，美國史密森尼學會會長加勒特·米勒（Garrett S. Miller）在比較了白暨豚和亞河豚的骨骼后，認為二者是近親，將白暨豚歸入了亞河豚科。大多數生物學家也支持他的這個結論。

1979年中國生物學家周開亞等人在比較了白暨豚和其他淡水豚類的骨骼后，否定了米勒的結論，并建立了白暨豚科，并得到了其他一些學者的認可。但是巴恩斯（Barnes）對弗西豚科的化石與白暨豚進行對比后認為白暨豚應該屬于弗西豚科的亞科Lipotinae。而赫寧（Heyning）在進行比較解剖學研究后，把 白暨豚作為了亞河豚科下的一個屬。而DNA序列的測定結果則表明，亞河豚、弗西豚和白暨豚各 屬于不同的科。至此，定論白暨豚科為獨立科。